应该说，企业无权以任何理由扣留已离职的员工档案。如果员工因为拒绝承担违约责任或赔偿企业的损失不辞而别，企业正确的做法应该是，通过劳动争议仲裁等法律手段来恢复自己的合法权益，而不应该扣押其个人档案。
遗失或拒退人事档案怎么办
上海市劳动和社会保障局在《关于用人单位遗失或拒退人事档案(含《劳动手册》)劳动者退工登记备案手续处理意见的通知》规定如下：
档案遗失的处理
1、用人单位遗失人事档案(含《劳动手册》)，应负责为劳动者补建人事档案和《劳动手册》，并由上级主管部门按照有关规定，对直接责任者予以处理。
2、用人单位遗失劳动者的人事档案(含《劳动手册》)且又注销营业执照的，可由上级主管部门按上述第一条规定补建人事档案和《劳动手册》，并出具证明代为办理劳动者的退工登记备案手续。
3、对无上级主管部门的用人单位且已注销营业执照或虽未注销营业执照，但业主逃匿的，可由受委托档案管理部门办理劳动者的退工登记备案手续。
用人单位拒退人事档案的处理
是指用人单位与劳动者已没有事实劳动关系，且用人单位没有正当理由，而不为劳动者办理退工登记备案手续，拒退人事档案(含《劳动手册》)。
1、用人单位无正当理由拒退人事档案(含《劳动手册》)的，劳动者本人可以在法定期内向各级劳动争议仲裁委员会申请仲裁，由仲裁委员会裁决用人单位为其办理退工退档手续。
2、用人单位仍拒绝办理退工手续的，劳动者本人可以凭已生效的仲裁文书(复印件)及本人身份证、户口簿、一寸证件照两张等相关材料到户口所在地的街道、乡镇劳动服务所进行失业登记，重新申办《劳动手册》。
人事档案查阅规定
(一)查阅流动人员人事档案应办理审批手续。查阅单位应申明查阅理由，管档单位根据规定和需要确定需提供的档案材料。
(二)查阅单位应派中共党员到人才流动服务机构查阅流动人员人事档案。对不符合规
定条件的，人才流动服务机构可根据实际情况向查阅单位介绍被查阅人的有关情况。